すがすがしいヒノキの香りは、森林浴のリラックス効果があり、緊張の緩和、リフレッシュ、ストレス緩和など心への作用のほか、血行を促進し、肉体疲労の回復、冷え性やむくみの改善など、健康への作用があります。

また、ヒノキチオールは微生物やカビに対し、除菌・抗菌効果を有しており、副作用のなさ、安定性の高さから病院や農業などでも利用されています。

その他にもヒノキチオールは歯周病治療剤としても使われたり、食品添加物（保存料）としても認められ、石けん、歯磨き剤、シャンプーなどにも配合されています。

カーペットや布団等に多く潜んでいるダニは、気管支ぜんそくや、皮膚疾患の原因となっていますが、ヒノキチオールにはこのダニの繁殖を抑制する働きがあり、蚊やゴキブリに対する忌避効果も確認されています。また、ヒノキチオールの抗菌性は、雑菌を繁殖させないことのほか、雑菌から出る悪臭を防ぐ効果を発揮します。

また、芳香剤として使えば、独特な木の香りが嫌な臭いを包み消し去り、後には心地良いヒノキの香りが残ります。